МОУ средняя общеобразовательная школа №46 была сдана в эксплуатацию в 1953 году. Строилась для детей строителей Иркутской ГЭС и была одной из первых в будущем Свердловском округе. В год сдачи в ней обучалось более 400 учащихся и 100 трудящихся вечерней средней школы рабочей молодежи. Школа была открыта как средняя общеобразовательная. В 1959 году было принято решение о строительстве на ее территории интерната на 250 мест, который впоследствии был преобразован в детский дом, тогда же средняя школа была преобразована в восьмилетнюю. С 80-х годов школа №46 была школой основного общего образования. В 1999 году школе был присвоен статус муниципального учреждения среднего (полного) общего образования. Общая площадь помещений 263 кв.м. Проектная наполняемость 250 посадочных мест. Для организации учебно-воспитательного процесса школа располагает 13 учебными кабинетами, спортивным залом 44 кв.м., совмещенным медицинским кабинетом, 2 компьютерными классами, библиотекой и столовой на 70 человек, а также минимальным количеством необходимого оборудования.
В 2008 году 18 февраля на основании постановления мэра г. Иркутска от 20.11.2007.г. было создано Муниципальное общеобразовательное учреждение школа – интернат № 46 г. Иркутска путем реорганизации двух учреждений в форме слияния МОУ школы № 46 и «Центр психолого–педагогической реабилитации и коррекции».
В настоящее время на основании Постановления мэра г. Иркутска от 16.06.2011г. №031-06-1067/11 «О реорганизации муниципального общеобразовательного учреждения школы-интернат № 46 среднего полного общего образования г.Иркутска и муниципального общеобразовательного учреждения Центр образования № 14 г.Иркутска в форме слияния в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение г.Иркутска средняя общеобразовательная школа № 46»
